停工留薪期和医疗期内，根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条之规定，用人单位均不得解除与职工的劳动合同，但二者确实是完全不同的两个概念，存在诸多区别。

一、二者适用条件不同

停工留薪期是职工受工伤或者患职业病的情况下暂停工作接受医疗的期间，是法定的期间，自职工受工伤或者诊断为职业病并进行治疗之时自然起算；医疗期则是职工患病或者非因公负伤情况下接受医疗的时限，其期间的长短虽然有法律明确规定，但其起算时间一般以职工请病假起三天之后开始正式起算。

二、适用的险种不同

职工在停工留薪期接受治疗，享受工伤医疗待遇，其所需费用符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准的，从工伤保险基金支付，治疗期间的伙食费、为治疗支付的合理的交通费、因公致残后的残疾器具费等，均从工伤保险基金中支付；职工在医疗期内的治疗费用，符合医疗保险标准部分的，由医疗保险支付，不享受工伤保险待遇。

三、期间待遇不同

停工留薪期内，职工原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付；医疗期内的工资待遇则和职工的连续工作年限、在本单位的工作年限有关，根据各省、自治区、直辖市的规定有所不同，一般为职工本人工资标准的60%至95%不等。

四、期间长短不同

停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。医疗期则根据职工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，期间为3个月到24个月不等，某些省、自治区、直辖市甚至可延长至36个月。

五、期间是否连续不同

停工留薪期必然是连续的期间，自职工因公受伤或者被诊断为职业病之日起至停工留薪期终结，期间必然连续；医疗期则不必然是连续的期间，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第四条之规定，医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月内累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病休时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算；可见医疗期是在一个期间范围内不连续的休满法定的期间即可。

六、期间终止后的法律效果不同

停工留薪期终止后必然导致劳动能力鉴定，而无论职工的伤情或者职业病是否能够评上相应的伤残等级；医疗期终止则不必然导致劳动能力鉴定，只有在职工非因公致残或者经医生或医疗机构认定患有难以治疗的疾病时，才应当进行劳动能力鉴定。

七、期间终止时间不同

二者除法定期间届满而终止外，在法定期间内治疗终结的情况下，其终止时间略有不同。停工留薪期的截止时间，实践中存在三种理论：其一，复工截止论，即以员工回来工作之日为停工留薪期的截止日期；其二，鉴定截止论，即以员工的伤残等级鉴定结论作出之日作为停工留薪期的截止日期；其三，医疗结束论，即以员工结束治疗之日为停工留薪期的截止日期。在医疗期内因治愈而治疗终结、无需进行劳动能力鉴定、可以回到原岗位继续工作的员工，其医疗期终止，即复工时截止。